Παράλληλα, οι ελεγκτές εξετάζουν το εάν καταχωρήθηκαν ορθά στα βιβλία τα εκδοθέντα στοιχεία λιανικής πώλησης ή παροχής υπηρεσιών και τα τιμολόγια για κάθε πώληση αγαθών ή παροχή υπηρεσιών, καθώς και εάν έγινε ορθή καταχώρηση του ΦΠΑ και των λοιπών φόρων, εάν συμφωνούν τα δεδομένα των εκδοθέντων τιμολογίων πώλησης ή αποδείξεων λιανικής πώλησης με τα αντίστοιχα εκδοθέντα παραστατικά διακίνησης, καθώς και εάν τα δηλωθέντα έσοδα συμφωνούν με αυτά που προκύπτουν από υπάρχοντα συμφωνητικά, εάν τα ποσά των αγορών αντιστοιχούν στις ποσότητες που αναγράφονται στα οικεία παραστατικά διακίνησης και στα έγγραφα μεταφοράς, και άλλα.
Επίσης, τα στελέχη της ΑΑΔΕ ελέγχουν ποσά δαπανών, τα οποία από ελεγκτικής άποψης κρίνονται σημαντικά ανάλογα με τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά της κάθε υπόθεσης, την ορθή έκπτωση δαπανών από την ελεγχόμενη επιχείρηση, την πλήρωση των προϋποθέσεων έκπτωσης των φορολογικών αποσβέσεων, και άλλα.
Εάν κατά τον φορολογικό έλεγχο διαπιστωθεί ότι η επιχείρηση δεν τηρεί τα προβλεπόμενα λογιστικά αρχεία, επιβάλλεται, για κάθε έτος για το οποίο διαπιστώνεται η παράβαση, πρόστιμο ίσο με το 15% επί των εσόδων της από επιχειρηματική δραστηριότητα, όπως αυτά προκύπτουν από τον μέσο όρο των δηλωθέντων εσόδων των τριών τελευταίων φορολογικών ετών.
Το ελάχιστο ύψος του προστίμου είναι 10.000 ευρώ για τον υπόχρεο τήρησης απλογραφικών βιβλίων ενώ το ποσό αυτό ανέρχεται σε 30.000 ευρώ για τον υπόχρεο τήρησης διπλογραφικών βιβλίων. Ωστόσο, σε περίπτωση που η επιχείρηση δεν έχει υποβάλλει έστω και μία δήλωση φορολογίας εισοδήματος τα τελευταία τρία έτη ενώ είχε την σχετική υποχρέωση, τα ανωτέρω ποσά αναπροσαρμόζονται σε 30.000 ευρώ και 50.000 ευρώ αντίστοιχα.
Σημειώνεται ότι με βάση τις νέες διατάξεις του ν.4714/2020 η μη ενημέρωση των βιβλίων και η μη επίδειξή τους κατόπιν πρόσκλησης εξομοιώνονται με την μη τήρηση βιβλίων.
